Для героев третей части наступили печальные будни: Сэм потерял Микаэлу, власть создает закон о выселении Автоботов с Земли, а пока Мегатрон прячется после позорного поражения Фоллена, десептикон Шокуэйв, повелитель Кибертрона, готовится к визиту, который он хочет нанести нашей планете с очень плохими намерениями. Действие на этот раз будут происходить не только на Земле, но и на Луне, темная сторона которой хранит большие тайны.